کلیسای سن استپانوس، یا کلیسای استفانوس مقدس دومین کلیسای مهم ارامنه ایران است که از نظر اهمیت بعد از قره‌کلیسا قرار می‌گیرد. این بنا در استان آذربایجان شرقی در 17 کیلومتری غرب شهر جلفا و در فاصله 3 کیلومتری کرانه جنوبی رودخانه ارس در محلی به نام قزل وانک (صومعه سرخ) واقع شده‌است.

این کلیسا در سده نهم میلادی ساخته شده است ولی به علت زلزله دچار آسیب‌های جدی شده بود که در دوران صفویه مورد مرمت و بازسازی قرار گرفت. این اثر در تاریخ 15 اسفند 1341 با شماره? ثبت 429 به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده‌است. کلیه محوطه کلیسا در قلب کوه ها و در میان طبیعت سبز منطقه مرزی جلفا و جمهوری آذربایجان قرار گرفته‌است. این کلیسا مورد احترام تمام مسیحیان و تقریبا تمامی ادیان است اما در واقع به شاخه مسیحیان گریگوری (پیروان گریگور روشنگر) که ساکن ارمنستان هستند تعلق دارد. در یک روز از سال هزاران نفر از ارمنیان در این نقطه گرد هم می‌آیند تا ضمن زیارت، مراسم و مناسک خاص خود را به‌جای آورند. سنت استپانوس برگرفته شده از نام استپانوس ( یا همان استفان در زبان ارمنی) شهید اول راه مسیحیت است و در اغلب کشورهای جهان کلیساهای متعددی با همین نام وجود دارد. همچنین به دلیل متروکه بودن محل، به خارابا کلیسا نیز شهرت دارد. سنت استپانوس یا سنت استفان اولین شهید راه مسیحیت است که در 26 دسامبر سال 36 میلادی در اورشلیم توسط یهودیان سنگسار شد. درباره تاریخ بنای کلیسا، اظهارات گوناگونی ابراز شده‌است. عده‌ای آن را از بناهای اوائل مسیحیت، می‌دانند برخی چون تاورنیه بنای آن را به دوره صفویه نسبت می‌دهند. در حالی که شیوه معماری بنا، مصالح ساختمانی و تزئینات مفصل و زیبای آن مؤید این مطلب است که کلیسا همانند و هم زمان با کلیساهائی چون طاطائوس در بین قرن چهارم تا ششم هجری (دهم تا دوازدهم میلادی) ساخته شده‌است و سبک معماری آن تلفیقی از شیوه‌های مختلف معماری اورارتو، اشکانی و رومی است که بعد از به وجود آمدن بناهای شگرف سنتاچمیادیزین، طاطائوس و آختامار و سنت استپانوس به شیوه معماری ارمنی شهرت یافت. این کلیسا در محوطه‌ای محصور از درختان و دره سرسبزی واقع شده و حصار سنگی که بنا را احاطه نموده بارویی است بلند با هفت برج نگهبانی و پنج پشت استوانه‌ای سنگی مانند دژهای مستحکم دوره ساسانی و قرون اولیه اسلام. دروازه این بارو در وسط دیوار غربی تعبیه شده و دارای دری چوبی وآهن کوبی شده‌است. در پایه‌های طرفین و طاق جناغی آن سنگ تراش با حجاری‌های ظریف به‌کار رفته و نقش برجسته‌ای از مریم و کودکی عیسی در پیشانی طاقنمای آن به‌چشم می‌خورد. این کلیسا دارای سه ساختمان اصلی و مشخص و همچنین قسمتهای فرعی مختلفی است. سه قسمت اصلی عبارتند ار: نماز خانه اصلی، اجاق دانیال، برج ناقوس. نمازخانه در زمینی به ابعاد 16 در 21 متر بنا شده‌است. در ورودی منبت‌کاری با تزئینات بسیار زیبای آن در وسط ضلع غربی تعبیه شده و از آثار نفیس اوایل دوره قاجاریه و احتمالاَ زمان عباس میرزا السلطنه فرزند فتحعلی‌شاه به‌شماره می‌آید. حجاری پایه‌ها و طاق‌نماها و نیم‌ستون‌ها و زنجیره‌های جوانب و مقرنس‌کاری‌ها و تزئینات طاق سردر به قدری بدیع است که بی شک از شاهکارهای هنر حجاری محسوب می‌شود. نقش برجسته‌هایی از حواریون و قدیسین و فرشتگان بر پیشانی طاق‌نماهای اضلاع شانزده گانه گریوگنبد که در حقیقت پاطاق گنبد زیبای نمازخانه کلیسا محسوب می‌شود مشاهده می‌گردد، پوشش این گنبد به صورت هرمی با سبک خیاری سی و دو پهلوئی است که بر روی یک پلان ستاره شکل شانزده‌پر قرار دارد. داخل طاق‌نماهای گریوگنبد یک در میان پنجره‌ای تعبیه شده که طاق هلالی تودر توئی دارد و بالاتر از پنجره، تصویر برجسته یکی از حواریون در داخل قابی چهار گوش نمای بیرونی آن را زینت می‌دهد. کتیبه‌ای از سنگ ماسه‌ای سرخ رنگ به‌خط نستعلیق بر بالای در ورودی و زیر طاق مدخل کلیسا به‌چشم می‌خورد که مورخ به سال 1245 هجری قمری مبنی بر خرید قریه دره شام جلفا توسط عباس میرزا ناب السلطنه فرزند فتحعلیشاه از مجبعلی بیگ نخجوانی به مبلغ سیصد تومان و وقف آن به کلیسای سنت استپانوس است.
بسم الله الرّحمن الرّحیم و هو قدیم.
در عصر سلطنت اعلی حضرت قدر قدرت، قضا تؤامان، سکندر حشمت، دارا دربان، نواب اشرف، حضرت نایب السلطنة العلیه، عباس میرزا، ارواحنا فداه که خلف ارشد نامدار جمجاه، ظل الله، فتحعلیشاه قاجار است ابقی الله عمره و سلطنة و ادام الله ملکه که مرحمت بی‌نهایت درباره کمترین دعاگو سرکیس ولد استپان خلیفه جلفای من قراء نخجوان داشت، و گویا که حسن خدمت کمترین در پیشگاه حضور والا جلوه‌گر شده بود، بنابر این قریه دره شام را در تاریخ سنه 1246 به این کمترین که دعاگوی دولت ابد مدت شاهی بودم تیول مرحمت فرمودند که صرف اوجاق دانیال (ع) نمایم و دعاگوی عمر و دولت شاه و شاهزاده و امیرزاده‌ها باشم. در تاریخ سنه 1246 قریه دره شام را از عالیجاه محبعلی بیگ نخجوانی به مبلغ سه صد تومان گرفته، وقف اوجاق دانیال (ع) ساختیم، که هر کس در این مقام مبارک بعد از این خلیفه بوده باشد اولاً به دولت شاه ایران واجب است دعا نماید. ثانیاً لعنت خدا و نفرین رسول بر آن کس شود که این قریه را بفروشد و یا به بیع گذارد وصرف اوجاق ننماید. کتبه علی اشرف نخجوانی سده 1247
فضای داخل کلیسا به صورت صلیب (باسلیکا) می‌باشد که از سه قسمت ایوان نمازخانه و محراب تشکیل شده‌است. ایوان بر روی دو ستون و دو نیم‌ستون قرار گرفته در پشت آن و زیر گنبد اصلی نمازخانه کلیسا واقع شده‌است. گوشه‌های مقرنس پاطاق گنبد دارای تصاویری رنگی است که شیوه نقاش‌های مذهبی قرن 16 و 17 میلادی را به یاد می‌آورد. محراب در جانب شرقی نمازخانه قرار گرفته که 96 سانتیمتر از کف نمازگاه بلندتر است. ازاره محراب از سنگ مرمر است و بالای این ازاره‌ها را هفت طاقنمای جناعی دو طبقه زینت می‌دهد. از جمله تزئینات شگرف درون معبد سه نمازگاه سنگی انفرادی با حجاری‌های زیباست یکی از این نمازگاه‌ها را در وسط محراب قرار داده‌اند و دو تای دیگر در طرفین شمالی و جنوبی و نمازخانه بزرگ و در محاذات همدیگر قرار گرفته‌اند. این نمازگاه‌ها از آثار دوره قاجار به حساب می‌آیند. بر روی ایوان دو طبقه‌ای متصل به دیوار جنوبی کلیسا قرار گرفته و دارای گنبدی هرمی شکل هشت ضلعی است که بر روی هشت ستون استوانه‌ای از سنگ سرخ با سرستونهای زیبا استوار گردیده‌است. این برج در زمان عباس میرزا نایب السلطنه مرمت شده‌است. پیشانی طاق‌های بین این ستون‌ها که پا طاق گنبد برج محسوب می‌شوند، با نقوش برجسته فرشته، صلیب، ترنج، ستاره و گل هشت پر زینت یافته ودر سطح ایوان برج، قبوری از بزرگان آیین دین مسیح به چشم می‌خورد ودر دیوار ضلع شمالی این برج که بخشی از دیوار جنوبی کلیسا نیز بشمار می‌آید، تصاویر بر جسته‌ای از مریم مقدس و عیسای مسیح مشاهده می‌شود. در صحن این برج، تعدادی قبر به‌چشم می‌خورد که گفته می‌شود متعلق به افراد سرشناس و بزرگ مسیحی است. همچنین گویا ناقوس برج توسط ایتالیایی‌ها برای مرمت برده شده اما برگشت داده نشده‌است. تالاری است متصل به دیوار شمالی کلیسا که 6 متر عرض و نزدیک به 20 متر طول دارد و به سه قسمت مساوی تقسیم می‌شود:
1- اجاق دانیال که به وسیله دیوار از تالار جدا شده و به نام دانیال از قدیسین قرن پنجم میلادی معروف است
2- تالار اجتماعات در وسط قرار گرفته‌است
3- محل غسل تعمید در انتهای شرقی تالار واقع است که در آن سکوی بلندی به چشم می‌خورد که میز سنگی غسل تعمید در وسط آن نهاده شده‌است
مدرسه مذهبی یا دیری در کنار کلیسا وجود دارد که قدمت آن را به بیش از 900 سال پیش نسبت می‌دهند. که در چهار طرف آن اتاقهایی وجود داشته که طبقه فوقانی آن جهت استراحت مسافرین و زائرین و طبقه زیرین محل اصطبل چهار پایان آنان بوده‌است. این دیر فعلاً در دست تعمیر است. درباره تاریخ بنای این کلیسا که یکی از شاهکارهای معماری است. مطالب مختلفی نوشته شده‌است. برخی بدون توجه به وقایع تاریخی و تاریخ تطور شیوه‌های معماری بنای آن را تا نخستین سده‌های مسیحیت پیش برده‌اند در حالیکه شیوه بنا و مصالح ساختمانی و تزئینات هنری نشان می‌دهند که بنای این کلیسا همزمان با کلیساهای آختارمار و طاطائوس احداث شده‌است. صدها سنگ نبشته به زبان ارمنی در داخل و خارج بنا نصب شده‌است که اگر این سنگ نبشته‌ها به زبان فارسی ترجمه گردد بانی و معمار و تاریخ بنای کلیسا حتی قسمتهایی از تاریخ اقوامی که در این سرزمین می‌زیسته‌اند. روشن خواهد شد. این بنای تاریخی به شماره 429 در فهرست آثار ملی ایران ثبت گردیده و به خاطر قدمت و سابقه تاریخی و مذهبی و شیوه معماری منحصر به فرد آن در سال 1386 همراه با کلیساهای دیگر در استان آذربایجان، در میراث جهانی یونسکو به ثبت رسید. سازمان میراث فرهنگی و گردشگری کشور مجموعه سه کلیسای سنت استپانوس، زور زور و قره کلیسا را به عنوان یک پرونده برای ثبت در فهرست میراث جهانی به یونسکو ارائه داد. در سال 2006 میلادی سه کلیسا برای ثبت در یونسکو پیشنهاد گردید که این کلیسا یکی از آنهاست. مراحل تشکیل پرونده این بنای تاریخی در حال انجام است و روند بازسازی و مرمـّت کلیسا به این منظور انجام شد. همچنین تعمیرات اساسی و گسترده‌ای با حفظ سبک شیوه معماری گذشته آن، با همّت سازمان میراث فرهنگی کشور و با همکاری شورای خلیفه‌گری ارامنه صورت گرفته‌است. از جمله اقداماتی که در این راستا انجام گرفته می‌توان به تهیه نقشه فتوگرامتری با تمام جزئیـّات آن، تعمیر قسمت‌هایی ازحصار، خاک برداری داخل دیر، تعمیر کلّی پشت بام حجره‌ها و اتاق‌ها و ایجاد شیب مناسب در پشت بام آنها، ترمیم بخشی از دیوارهای فروریخته و تعمیر اساسی پشت‌بام کلیسا و نماز خانه، تعمیرطبقه? اوّل و دوم برج ناقوس، پنجره‌های چوبی، آتش دان‌های قدیمی و مانند آن‌ها اشاره کرد. اخیراَ افزون بر کارهای مرمتی فوق جهت استحکام بخشی بنا و آماده‌سازی آن برای بازدید جهانگردان که توسط میراث فرهنگی آذربایجان‌شرقی صورت گرفته‌است، جاده سابق آن نیز به نحو مطلوبی تعریض و آسفالت گردیده‌است. در سال 1384 کارشناسان سازمان میراث فرهنگی طی مرمت بنا، بقایای استخوان حواریون و قدیسین مسیح را کشف کردند که طبق روایات تاریخی در این کلیسا نگهداری می‌شده‌است. آن‌ها بقایای استخوان‌ها را در میان دو طاق کلیسا شناسایی کردند. علاوه بر بقایای استخوانی چند تکه تخته مربوط به جعبه‌های نگهداری این استخوان‌ها، چند تکه پارچه زرد و آجری، تکه‌های موم، گِل اخرا و دانه‌های کُندر نیز در این محوطه شناسایی شده‌است. اسقف اعظم و خلیفه ارامنه تهران و شمال ایران با ارزشمند خواندن بقایای استخوانی یافت شده در این کلیسا از احتمال تعلق این بقایا به جسد حضرت یحیی خبر داد.